linux系统操作和基本管理配置

Terminal, Shell and SSH

1. Terminal (Console, TTY)

Terminal = Keyboard + Monitor

2. Shell

Shell = Command Line Interpreter

  • cmd
  • PowerShell
  • Bash
  • Zsh
  • 3. SSH

    SSH client: softwares to connect a terminal to a server via network

  • Putty / XShell
  • MinGW / cygwin
  • bash与ubuntu常用命令

    1. 命令查找顺序

    1. 如果命令以 . 或者 / 开头,则认为表示一个程序的路径
    2. 如果是Shell函数,就作为函数调用
    3. 如果不是Shell函数,就去 $PATH 里查找同名程序

    2. 常用命令

    3. 命令使用方法

    程序的执行

    1. 进程

    2. IO

    3. 参数与退出状态

    4. 信号

    5. 进程的生命周期

    Linux文件系统

    基本Bash用法

    1. 快捷键

    2. 管道

    3. 通配符

    4. 重定向

    5. 自动补全

    按下tab键即可自动补全,如果前缀有歧义连续按两下tab键会列出所有可选项

    6. 简单语句

    与本机的通信

    1. SCP

    scp -r . zhangsw@192.168.1.13:~/example
    scp zhangsw@192.168.1.13:~/example.vcf .
    

    2. Web

    python -m SimpleHTTPServer 8001

    然后用浏览器打开 http://192.168.1.13:8001 即可查看

    负载控制

    1. 欲速则不达

    2. 资源使用状态简单判别 - top

    附录

    常见缩写

    • a: append
    • b: byte
    • d: daemon
    • f: file, format
    • h: human
    • o: output
    • s: super, soft
    • x: exit
    • dir: directory
    • dlm: delimiter
    • err: error
    • src: source
    • tmp: temporary
    • usr: user

    Snippets

    1. 解压一个压缩包到当前目录下一个单独的文件夹里
      tar zxvf example.tar.gz
    2. 查看一个压缩的文本文件
      gzip -cd example.fastq.gz | less
    3. 查看当前目录下所有bam文件的大小并排序
      du -sh *.bam | sort -h
    4. 批量执行当前目录下所有脚本,但最多只同时执行20个任务,输出放到用户主目录下
      find *.sh | xargs -n 1 -P 20 bash > ~/log 2>&1